结论前置：三方协议没有生效时，用人单位收取违约金通常是不合法的。

详细分析：

1. 三方协议的性质与生效条件：

   • 三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和学校三方就毕业生就业事宜达成的意向性协议。其生效通常需要满足一定的条件，如各方签字盖章等。
   • 如果三方协议尚未生效，即意味着协议中的条款尚未对各方产生法律约束力。

2. 违约金的合法性分析：

   • 违约金是合同中约定的一方违约时应当支付给对方的一定数额的金钱。但在三方协议中，违约金并非必备条款。
   • 在协议未生效的情况下，用人单位通常没有法律依据来要求毕业生支付违约金。因为此时协议中的条款，包括违约金条款，都尚未产生法律效力。

3. 特殊情况下的违约金：

   • 值得注意的是，即使在三方协议中约定了违约金，该条款也需要在协议生效后才能产生法律效力。
   • 另外，根据《劳动合同法》的相关规定，只有在特定情况下（如用人单位为劳动者提供专项培训费用并约定服务期，或者与劳动者约定竞业限制条款时），才可以约定由劳动者承担违约金。这些特定情况并不适用于一般的三方协议。

4. 法律建议：

   • 如果三方协议尚未生效，且用人单位要求支付违约金，毕业生应明确拒绝，并可以寻求学校或法律专业人士的帮助来维护自己的权益。
   • 在签订三方协议时，毕业生应仔细阅读协议内容，特别是关于违约责任的部分，以确保自己的权益得到充分保障。

综上所述，三方协议没有生效时，用人单位收取违约金通常是不合法的。毕业生在遇到此类情况时，应明确自己的权益，并寻求适当的法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。