当协议中约定的事项不明确时，各机构可以按照以下步骤处理：

1. 尝试达成补充协议：

   • 首先，各方应尝试通过协商达成补充协议，对不明确的内容进行明确约定。补充协议与原协议具有同等法律效力，能够有效防止后续产生纠纷。

2. 依据法律规定解释：

   • 若无法达成补充协议，则应依据《民法典》等法律规定对协议进行解释。
   • 条款含义有争议的，按通常理解来解释；有两种以上解释的，作出对提供格式条款一方不利的解释。

3. 考虑交易习惯：

   • 在解释协议时，还需考虑交易习惯，特别是行业普遍认可且不违反法律强制性规定的交易习惯，这些习惯可以作为解释协议的依据。

4. 通过法律途径解决：

   • 若通过上述方式仍无法确定协议的具体含义和双方的权利义务，则可能需要通过诉讼等法律途径解决。
   • 在这种情况下，法院将根据具体情形判断裁决，以确保协议的公平和合理执行。

综上所述，处理协议中约定不明确的事项需要各方保持沟通，积极协商，并依据法律规定和交易习惯进行合理解释。若无法达成一致，则可通过法律途径寻求解决方案。