行政处罚决定90日的计算方式是从行政处罚案件立案之日起开始计算，直到作出行政处罚决定之日止。这一规定来源于《中华人民共和国行政处罚法》第六十条，其主要目的是为了提高行政效率和确保公正执法，防止案件久拖不决，对经济社会秩序和当事人的合法权益造成不良影响。

在具体计算时，需要注意以下几个要点：

1. 起算点：90日的起算点是案件立案之日，即行政机关确认案件符合立案标准并正式立案的日期。通常，这可以从案件立案通知书的落款之日来确定。

2. 例外情形：虽然一般规定是90日，但法律、法规、规章可能有另外的规定。这些例外情形可能包括更长或更短的期限，以及关于期限计算、中止、延长等的特殊规定。例如，在公安、反垄断、证券、生态环保等领域，由于案件办理的特殊性，可能会有不同的期限规定。

3. 期限的扣除：在办理过程中，如果需要进行检验、检疫、检测、公告、听证、拍卖、专家评审、鉴定，或者委托有关行政机关调查取证等，这些所需时间不计算在90日的法定期限内。

4. 超期后果：如果行政机关未能在规定期限内作出行政处罚决定，通常会被视为程序违法。当事人可以据此提起行政复议或者行政诉讼，并可能导致行政处罚决定被确认违法、确认无效、撤销或者变更。不过，在实践中，因办案期限超期的严重程度不同，认定为程序瑕疵以及程序违法的情况也会有所不同。

综上所述，行政处罚决定90日的计算是一个相对明确但又具有一定灵活性的规定。在实际操作中，需要结合具体的法律法规和案件情况来确定具体的办理期限。