针对您提出的“伤残鉴定做二次对方不同意法院怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，鉴定结论在司法程序中具有重要的证据价值，它直接关系到案件的实体审理和各方当事人的权益。因此，当一方对鉴定结论有异议并申请重新鉴定时，法院通常会予以准许，以更好地还原事情真相。

然而，在实际操作中，可能会出现被鉴定人拒不配合重新鉴定的情况。这时，法院面临的处理方式相对复杂，因为目前法律对此类情况并未作出明确规定。以下是一些可能的处理方式和建议：

1. 法院沟通与劝导：

   • 法院可以尝试与被鉴定人进行沟通，了解其拒绝配合的原因，并解释重新鉴定的重要性和必要性。
   • 通过劝导和教育，争取被鉴定人的理解和配合。

2. 法律后果的告知：

   • 法院可以向被鉴定人明确说明，如果其拒不配合重新鉴定，可能会导致案件久拖不决，甚至影响最终的裁判结果。
   • 同时，可以告知被鉴定人，其行为可能构成妨碍诉讼，法院有权采取相应的法律措施，如罚款、拘传等。

3. 采取替代措施：

   • 如果被鉴定人确实无法或拒绝配合重新鉴定，法院可以考虑采取其他替代措施来查明案件事实。
   • 例如，可以将被鉴定人的病历以及先前的鉴定结论一同送往专门的鉴定机构作书面审查，重新作出新的鉴定结论。

4. 立法与审判规制：

   • 从长远来看，完善相关立法是解决此类问题的根本途径。可以立法明文规定被鉴定人具有配合重新鉴定的义务，并明确拒不配合的法律后果。
   • 同时，法院在审判过程中也可以依据现有法律法规，如《民事诉讼法》和《证据规定》，对被鉴定人的行为进行规制和处罚。

5. 加强鉴定队伍建设与机构规制：

   • 提高司法鉴定人员的素质和专业水平，确保鉴定结论的公正性和准确性。
   • 建立权威的鉴定机构，打消当事人对重新鉴定的怀疑与顾虑，引领当事人积极配合。

综上所述，当伤残鉴定做二次而对方不同意时，法院应综合考虑多种因素，采取灵活多样的处理方式，并加强立法和审判规制，以确保案件的公正、高效审理。同时，也需要社会各界的共同努力，提高司法鉴定的公信力和社会认同度。