关于“配合调查的损失谁承担”这个问题，首先我们要明确的是，配合调查是公民、法人或其他组织应尽的法定义务，特别是在涉及行政、司法等程序时。对于因配合调查而产生的损失，其承担主体并不是一成不变的，而是需要根据具体情况来分析。
若配合调查是基于法定程序和要求：
- 在这种情况下，配合调查是公民、法人或其他组织的法定义务。通常，因履行这一法定义务而产生的合理损失，如时间成本、交通费用等，应由其自行承担。这是因为，配合调查是维护社会秩序、保障公共利益所必需的，个人或组织在享受社会提供的服务和保护的同时，也应承担相应的义务和责任。
若配合调查导致不当损失，且存在过错方：
- 如果在配合调查的过程中，由于调查机关或相关人员的过错，导致被调查人或相关方遭受了不当损失（如财物损坏、经营中断等），那么根据“有损害必有救济”的原则，过错方应当承担相应的赔偿责任。此时，受损方可以通过法律途径寻求救济，要求过错方进行赔偿。
特殊情况下的损失承担：
- 在某些特殊情况下，如国家为了公共利益而进行的特定调查，可能会对公民、法人或其他组织的合法权益造成较大影响。在这种情况下，国家可能会通过立法或政策的方式，为受损方提供一定程度的补偿或救济。但这种补偿或救济通常是基于特定情况和政策考虑的，并不是普遍适用的原则。
综上所述，配合调查的损失承担主体需要根据具体情况来确定。在大多数情况下，因履行法定义务而产生的合理损失应由个人或组织自行承担；但如果存在过错方导致不当损失，或特殊情况下的国家补偿政策，那么损失承担的主体和方式可能会有所不同。因此，在面对配合调查的情况时，建议个人或组织先了解相关法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。