汽车超员是由公安机关交通管理部门进行处罚的。

依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例，汽车超员的处罚规定因超员程度和车辆类型的不同而有所差异。具体来说：

1. 公路客运车辆超员处罚：

   • 载客超过额定乘员的，将处以二百元以上五百元以下罚款。
   • 若载客超过额定乘员百分之二十或违反规定载货，则罚款提升至五百元以上二千元以下，并由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。若经处罚不改，对直接负责的主管人员还将处以二千元以上五千元以下罚款。

2. 货运机动车超载处罚：

   • 超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款。
   • 若超过核定载质量百分之三十或违反规定载客，罚款为五百元以上二千元以下，并扣留机动车至违法状态消除。同样，经处罚不改的，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。

3. 私家车等小型载客汽车超员处罚：

   • 超员未达20%的，一次记1分（对于5座轿车，超载1人即达20%，实际处罚中可能按超载20%以上标准执行，即扣更多分），并处以相应罚款。
   • 超员20%以上未达50%的，一次记3分（或6分，具体根据车型和当地规定），并处以更高额度的罚款。
   • 超员50%以上未达100%的，一次记6分，并面临更为严厉的罚款。
   • 超员100%以上的，一次记12分，这是最为严重的处罚，同时可能伴随吊销或暂扣机动车驾驶证的处罚。

在实际执法过程中，公安机关交通管理部门会依据上述法律法规，结合本地实际情况，对汽车超员行为进行严格查处。因此，驾驶员应严格遵守交通规则和法律法规，确保行车安全，避免超员行驶。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。