关于“主协议中要求另行签订补充协议是否适用诉讼时效”的问题，我们可以从以下几个角度进行分析：
结论前置
主协议中要求另行签订补充协议，这一行为本身并不直接决定诉讼时效的适用与否。诉讼时效的适用主要依据相关法律规定及合同的具体内容。
法律分析
诉讼时效的法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。
- 诉讼时效的适用通常与具体的权利类型、合同内容以及法律规定相关。
主协议与补充协议的关系：
- 主协议是双方当事人的基础合同，约定了双方的主要权利和义务。
- 补充协议是对主协议的补充或修改，通常用于明确或调整主协议中的某些条款。
- 补充协议与主协议具有同等的法律效力，但补充协议的内容应优先于主协议。
诉讼时效在补充协议中的约定：
- 如果补充协议中明确约定了诉讼时效的起始时间、期限或相关条件，那么这些约定将直接决定诉讼时效的适用。
- 如果补充协议中没有明确约定诉讼时效，那么将依据主协议的内容以及相关的法律规定来判断诉讼时效的适用。
实际情况分析
- 在实践中，如果主协议中要求另行签订补充协议，并且补充协议的内容涉及到权利义务的变更或确认，那么当事人应当注意在补充协议中明确诉讼时效的相关约定。
- 如果补充协议中未明确约定诉讼时效，而主协议或相关法律规定了诉讼时效，那么当事人应当遵循这些规定来行使权利或履行义务。
总结与建议
因此，主协议中要求另行签订补充协议并不直接决定诉讼时效的适用与否。当事人应当根据具体的合同内容、法律规定以及实际情况来判断诉讼时效的适用。如果补充协议中涉及到诉讼时效的约定，应当明确并遵循这些约定。如果补充协议中未明确约定，则应当依据主协议或相关法律规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。