针对你提出的“土地违法案件建筑物和地上物被法院执行了怎样进行行政处罚”的问题，首先明确一点：法院的执行程序与行政处罚是两个独立的法律程序，互不干扰。下面我将详细解释这一结论，并给出相关建议。

1. 法院执行与行政处罚的独立性：

   • 法院执行：这是基于司法判决或裁定，对违法建筑物或地上物进行强制拆除、没收等执行措施的过程。它属于司法程序的一部分，旨在实现法院的判决或裁定。
   • 行政处罚：这是行政机关对违反土地管理法律法规的单位或个人所实施的一种惩罚措施，如罚款、责令停止违法行为、没收违法所得等。它属于行政程序的一部分，旨在纠正违法行为并维护土地管理秩序。

2. 如何进行行政处罚：

   • 调查取证：行政机关在发现土地违法行为后，会进行详细的调查取证工作，包括现场勘查、询问当事人、收集相关证据等。
   • 作出处罚决定：在调查取证的基础上，行政机关会根据违法行为的性质、情节和后果，依法作出行政处罚决定。这个决定会明确告知当事人违法的事实、理由、依据以及处罚的种类和幅度。
   • 执行处罚决定：行政处罚决定作出后，当事人应当自觉履行。如果当事人不履行处罚决定，行政机关有权采取很多强制措施来执行，如冻结银行账户、查封财产等。

3. 法院执行后的行政处罚问题：

   • 即使法院已经对违法建筑物或地上物执行了强制拆除等措施，行政机关仍然可以对当事人进行行政处罚。因为法院的执行程序只是解决了违法建筑物或地上物的物理存在问题，而并没有解决当事人违法行为的法律责任问题。
   • 行政机关在法院执行后，可以继续依法对当事人进行行政处罚，以追究其违法行为的法律责任。这种处罚可以是罚款、责令恢复土地原状、没收违法所得等，具体根据违法行为的性质和情节来确定。

4. 建议：

   • 如果你或你的单位面临这样的情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和应对策略。
   • 在面对行政处罚时，要积极配合行政机关的调查取证工作，如实陈述事实并提供相关证据。
   • 如果对行政处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，法院的执行程序与行政处罚是两个独立的法律程序。即使法院已经对违法建筑物或地上物执行了强制拆除等措施，行政机关仍然可以对当事人进行行政处罚以追究其违法行为的法律责任。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。