在离婚案件中，法院是否会查公司账户取决于具体情况。一般来说，如果夫妻一方怀疑另一方隐匿、转移夫妻共同财产，或者公司财产与夫妻共同财产存在混同的情况，可以向法院申请调查公司账目。法院会根据案情决定是否准许调查，以确保双方的合法权益得到保障。

例如，如果一方能够提供初步证据，表明对方可能通过公司账户进行财产转移或隐匿，法院可能会同意查账。但需要注意的是，查账必须遵循法定程序，由法院主导进行，任何一方都不能私自查账。

总的来说，离婚案件中是否查公司账户并不是一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况来判断。如果您有这方面的疑虑或需求，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。