对于个体小餐饮未做税务登记但需要清税证明的情况，可以按照以下步骤进行处理：

首先，如果您的小餐饮店未办理过涉税事宜，且符合市场监管部门简易注销条件，那么您可以直接向市场监管部门申请办理简易注销登记，免予到税务机关办理清税证明。这是根据《国家税务总局关于进一步优化办理企业税务注销程序的通知》的规定，为了简化注销流程，提高效率。

然而，如果您需要一份清税文书作为注销的证明，您可以主动到税务机关办理清税。在这种情况下，您需要持加载统一社会信用代码的营业执照到注册地税务机关办理，税务机关会即时出具清税文书。这个流程也是基于上述通知的规定，以满足纳税人的需求。

总的来说，如果您的个体小餐饮店未进行税务登记但需要清税证明，可以直接向市场监管部门申请简易注销登记，或者主动到税务机关办理清税以获取清税文书。这两种方式都是合规且有效的，您可以根据自己的需求选择适合的方式。

请注意，以上建议仅供参考，具体流程可能因地区和政策的不同而有所差异。如果您对此仍有疑问，建议联系当地的主管税务机关或咨询专业的税务顾问以获取准确的信息。