两个孩子在学校发生碰撞，医药费的承担问题需要根据具体情况来确定。

首先，如果碰撞是由于学校的疏忽或未能充分履行教育、管理职责导致的，那么学校应当承担相应的侵权责任，包括支付医药费。

其次，如果碰撞是孩子们之间的意外，且没有明确的责任方，那么通常情况下，双方孩子的家长可能会基于公平原则共同分担医药费。

此外，还需要考虑孩子们的年龄和行为能力。如果孩子是无民事行为能力人（通常指8周岁以下），学校或其他教育机构的责任可能会更重。而对于限制民事行为能力人（8周岁以上不满18周岁），则需要具体分析孩子们的过错程度来确定责任。

总之，在处理此类问题时，应本着公平、合理的原则，并充分考虑各种因素。如果无法协商解决，建议寻求法律援助或通过法律途径来解决争议。同时，也可以考虑是否可以通过保险来减轻经济负担。如果您有更具体的情况描述，我可以为您提供更详细的法律建议。