个人所得税和社保不在一个单位缴纳，通常不会影响社保的缴纳。个人所得税和社保虽然都是与个人的收入和福利相关的制度，但它们分别由不同的机构管理，并有着不同的缴纳规则。

1. 管理机构不同：个人所得税主要由税务机关负责征收和管理，而社会保险则由社保机构负责管理。这两者在管理上是相对独立的。

2. 缴纳规则不同：个人所得税是根据个人的收入情况来计算的，与个人的工作单位无直接关系。而社会保险的缴纳通常与个人的工作单位有关，因为社保费用是由单位和个人共同承担的。但即使个人所得税和社保不在一个单位缴纳，只要单位按照规定为员工缴纳社保，员工的社保权益就不会受到影响。

3. 可能的影响：虽然个人所得税和社保不在一个单位缴纳通常不会影响社保的缴纳，但在某些特定情况下，如单位未按规定缴纳社保或存在其他违规行为时，可能会影响到员工的社保权益。此外，如果个人在多个单位工作并领取收入，需要确保每个单位都按规定为其缴纳社保，以避免出现漏缴或重复缴纳的情况。

综上所述，个人所得税和社保不在一个单位缴纳通常不会影响社保的缴纳，但个人仍需关注自己的社保缴纳情况，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或问题，可以直接向我咨询。