当店铺不再运营时，若未及时注销营业执照，将会带来一系列严重的法律后果和风险。以下是对此问题的详细解答：
首先，明确结论：
店铺停止运营后，必须及时注销营业执照，这是避免法律风险、经济损失以及保护个人信用的关键举措。
接下来，详细分析不注销营业执照可能带来的具体后果：
工商黑名单与异常经营名录：
- 营业执照未注销，工商局可能将店铺列入异常经营名录，甚至自动吊销执照，并将法人和股东列为非正常黑名单。这将导致在三年内不能担任企业法人，且可能影响未来商业活动的正常进行，例如无法再注册新的公司或个体工商户。
税务问题：
- 未注销的营业执照意味着税务部门仍可能要求店铺进行税务申报和缴税。若未能按时申报或缴税，将面临税务处罚，如罚款、滞纳金等，并可能被追究法律责任。即使店铺没有实际运营，也可能因未履行税务义务而产生不必要的麻烦。
银行专户与个人信用受影响：
- 若公司的银行专户未注销，可能产生管理费等相关费用，进而影响法人的征信记录。此外，工商部门与金融机构、公共服务机构等可能建立信息共享机制，营业执照未注销的不良记录将影响法定代表人或负责人的个人信用评级，进而影响金融借贷、信用卡申请、公共服务获取等方面的权益。
法律风险与经济损失：
- 未注销的营业执照可能会被他人冒用进行非法经营活动，导致原法定代表人或负责人卷入法律纠纷，需要承担相应的法律责任。即使能够证明自己与此无关，也会耗费大量的时间和精力来处理这些纠纷。同时，如果店铺在运营期间存在债务或法律纠纷，未注销的营业执照可能会使这些问题持续存在，导致更大的经济损失。
最后，给出建议与措施：
- 当店铺不再运营时，应尽快咨询当地工商部门和税务部门的相关规定和要求，确保按照法定程序办理营业执照的注销手续。
- 在注销过程中，应仔细核查店铺的税务、债务等状况，确保无遗漏或未解决的问题。
- 注销完成后，应妥善保管相关证明文件，以备未来可能需要使用。
综上所述，店铺停止运营后及时注销营业执照是避免后续麻烦和保护自身权益的重要举措。请务必引起高度重视并妥善处理。