如果在两家公司都申报了个税，您可以按照以下步骤处理以确保税务合规并避免不必要的问题：
一、核实申报情况
首先，您需要确认两家公司是否确实都为您申报了个税。这可以通过查询税务部门的官方网站、使用税务APP或咨询公司的财务部门来完成。在确认申报情况的同时，了解具体的税种、税额以及申报时间，这是后续处理的基础。
二、了解个税政策
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税的计税依据是全部收入，因此当您在两家公司都有收入时，两家公司都应代扣代缴个人所得税。但您需要注意，个人所得税需要在年度汇算清缴时进行合并计税。
三、选择并固定纳税申报单位
根据税法规定，从两处或两处以上取得工资、薪金所得时，您应在取得所得的次月十五日内，选择并固定在一处任职受雇单位所在地的主管税务机关办理自行纳税申报。这通常涉及到填制《个人所得税两处或两处以上工资、薪金所得纳税申报表》，并列出各单位收入和已扣税款。
四、进行年度汇算清缴
次年3月1日至6月30日，您需要通过个人所得税APP或自然人电子税务局网页端进行年度汇算清缴。系统将自动汇总您全年的综合所得收入、扣除等数据，并合并计算应纳税额。根据计算结果，您可能需要补税或可申请退税。
五、处理税务重叠问题
如果发现两家公司对同一笔收入进行了重复申报，导致税务重叠，您应向税务机关申请退税，并提供相关证明材料。税务机关核实后将按税法规定处理退税。
六、咨询专业人士
如果您在个税申报和缴纳过程中遇到任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业的税务师或律师。他们可以根据您的具体情况提供专业建议和指导，确保您的个税合规缴纳。
七、注意专项附加扣除
在一个纳税年度内，您只能选择从一处取得的所得中减除同一专项附加扣除项目，以避免重复扣除。请确保在申报时正确应用这一规定。
八、保留相关证据
最后，请务必保留好与两处收入相关的所有证据，如工资单、银行流水、兼职协议、项目合作合同等。这些证据在汇算清缴或税务检查时可能非常重要。
通过以上步骤，您可以有效处理在两家公司都申报个税的情况，确保遵守税收法规并维护自身权益。