支付劳务报酬时，即使个人已经开具了劳务报酬的发票，支付方仍然需要代扣代缴个人所得税。这是根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的明确规定，个人提供劳务取得的所得属于劳务报酬所得，是综合所得的一部分，明确在个人所得税的征管范围内。无论是企业还是个人，在向自然人支付劳务报酬时，都负有代扣代缴个人所得税的法定义务，且这一义务不因发票的开具而免除。

具体来说，税务机关在代开发票时，通常只会征收增值税及相关附加税费，并不会代征个人所得税。发票的开具与个人所得税的扣缴是两个相互独立的环节。因此，支付方不能仅凭发票就认为已经完成了个人所得税的缴纳义务。

以实际操作为例，假设甲公司接受自然人乙提供的设计劳务，乙去税务机关代开了金额为20,000元的劳务报酬发票给甲公司。甲公司在支付这笔劳务报酬时，必须按照劳务报酬所得的计税方法代扣代缴个人所得税。具体计算方式如下：

• 乙的收入为20,000元，超过了4,000元的门槛，因此减除费用为20,000元的20%，即4,000元。
• 预扣预缴应纳税所得额则为20,000元减去4,000元，即16,000元。
• 对照个人所得税预扣率表，适用20%的预扣率，速算扣除数为0。
• 因此，甲公司应预扣预缴的个人所得税为16,000元的20%，即3,200元。
• 甲公司实际支付给乙的金额则为20,000元减去3,200元，即16,800元。

如果支付方未按规定代扣代缴个人所得税，将面临严重的法律后果。税务机关将向纳税人追缴税款，并对扣缴义务人处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。这不仅会增加企业的经济负担，还可能损害企业的声誉和信用。

综上所述，支付劳务报酬时，无论是否已开具发票，支付方都必须严格履行代扣代缴个人所得税的法定义务。为避免不必要的法律风险和经济损失，建议企业在支付劳务报酬前咨询专业的税务人员，确保税务处理的准确性和合规性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。