在计算个人所得税时，允许扣除的五险一金仅包括个人缴纳的部分，单位缴纳的部分并不纳入个税扣除的范畴。以下是对此结论的详细解释：
政策与法规依据
根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条的规定，居民个人的综合所得，在计算应纳税所得额时，可以减除的费用包括：基本减除费用（即起征点）、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。其中，专项扣除特指居民个人依照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费及住房公积金，即“五险一金”中的个人缴纳部分。
扣除逻辑分析
双重扣除问题：单位缴纳的五险一金部分，在企业的层面，已经作为成本费用列支，并在企业所得税前进行了扣除。因此，在个人所得税的计算中，如果再次扣除单位缴纳的部分，将会导致不合理的双重扣除现象。
税收公平原则：个人缴纳的五险一金是从个人的收入中直接扣除的，用于个人的社会保障和住房储蓄，这实际上减少了个人的实际可支配收入。因此，在计算个人所得税时，将个人缴纳的部分从应纳税所得额中扣除，是遵循税收公平原则的表现，避免了对个人基本生活保障资金的征税。
综合所得的计算方式：个人所得税是基于个人的综合所得来计算的，这包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得等。在这些收入中，只有个人缴纳的五险一金部分可以作为专项扣除，从而减少应纳税所得额。
实例说明
以小李为例，假设他每月的工资收入为10000元，其中个人缴纳的五险一金为1000元，单位缴纳的五险一金为2000元。在计算小李当月应缴纳的个人所得税时，他的应纳税所得额应为：月工资收入10000元减去基本减除费用5000元，再减去个人缴纳的五险一金1000元，以及其他符合规定的扣除项目（如专项附加扣除等）。而单位缴纳的2000元五险一金则不计入个人所得税应纳税所得额的扣除计算之中。
综上所述，个人所得税扣除的五险一金仅限于个人缴纳的部分，单位缴纳的部分不参与个税的扣除。希望这个解答能够帮助您更好地理解个人所得税的计算方式。如果您还有其他问题或需要更详细的信息，建议查阅相关法规或联系专业的税务人员。