小区收取业主车辆管理费在一定条件下是合法的。具体是否合法，需要根据以下几个方面来判断：
合同约定：
- 如果业主与物业公司签订的物业服务合同中，明确约定了对业主车辆进行管理并收取相应费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么物业公司按照合同约定收取车辆管理费是合法的。
服务提供：
- 物业公司需要为车辆管理提供实际的服务，如车辆进出管理、停车秩序维护、停车场清洁等。如果物业公司未能提供这些服务，或者服务质量不达标，那么收取车辆管理费可能就不合理。
业主大会同意：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主大会是小区业主行使共同管理权利的机构。如果业主大会通过了相关决议，允许物业公司对业主车辆收取管理费用，并制定了明确的收费标准和用途，那么此收费行为也是合法的。
合理性与透明度：
- 收费标准应合理设定，反映服务成本和市场情况。同时，物业公司应确保收费的透明度，向业主公开收费标准和用途，并定期公布收费情况和用途，接受业主的监督。
综上所述，小区收取业主车辆管理费的合法性取决于多个因素，包括合同约定、服务提供、业主大会同意以及合理性与透明度等。如果物业公司能够满足这些条件，那么收取车辆管理费就是合法的。如果业主对收费的合法性或合理性存疑，可以与物业公司沟通协商，或者向相关部门投诉，甚至通过法律途径解决争议。