事业单位扣绩效奖励是否合法，主要取决于具体情况。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合法情形：

   • 依据合法有效的规章制度扣减：事业单位需制定合法合理的绩效考核制度，该制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知。如果员工未达到绩效标准，单位可以依据此制度扣减绩效奖励。
   • 劳动合同中有明确约定：如果事业单位与员工在劳动合同中明确约定了绩效奖励的具体标准和扣除条件，单位可以依据合同约定进行扣减。
   • 因劳动者个人原因给单位造成损失：若员工因自身故意或重大过失给单位造成经济损失，单位可按劳动合同约定要求其赔偿，并从绩效奖励中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

2. 不合法情形：

   • 无制度依据或随意扣减：如果事业单位未制定明确的绩效考核制度，或虽有制度但未按制度规定的程序和标准进行考核，随意扣减员工绩效奖励，则为不合法。
   • 制度本身违法：如果绩效管理制度内容违反法律法规，如无论工作表现如何都扣除一定比例绩效奖励，或将与工作无关的因素纳入考核范围，则该制度无效，依据此制度扣减绩效奖励也是不合法的。
   • 变相克扣工资：单位以扣绩效奖励为名，实则为了降低员工整体收入，如突然大幅提高绩效考核标准，使大部分员工无法达到，从而扣减绩效奖励，这种行为可能被视为变相克扣工资，是不合法的。
   • 扣罚过程不公正：未给予员工申辩机会，或未遵循正当法律程序进行扣减，也是不合法的。

因此，事业单位在扣减绩效奖励时，必须确保行为符合法律法规规定，并保障员工的合法权益。如果员工认为自己的绩效奖励被不合法地扣减，可以与单位沟通了解扣减原因和依据，寻求解决方案；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求调查处理；或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付应得绩效奖励。