关于不退还的保证金如何开票的问题，这确实是一个需要根据具体情况来判断的税务问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们要明确的是，合同保证金不退还是否需要开票，核心在于该不退还行为是否构成增值税应税范围的价外费用。
一、如果保证金作为违约金处理：
当合同保证金因对方违反合同约定而不予退还，并作为违约金归收取方所有时，此笔保证金应被视为价外费用。根据税法规定，这种情况下收取方有义务按照应税行为的性质，适用相应的税率向支付方开具发票。例如，如果应税行为是销售货物，那么应按销售货物的税率开具增值税发票；如果是提供服务，则按服务对应的税率开票。
二、如果保证金非违约性质：
若合同保证金的不退还并非基于违约，而是双方协商一致后，保证金转变为其他性质的款项（且该款项不属于增值税应税范围），则通常无需开具发票。此时，双方应签订补充协议或收款收据等作为合法的财务凭证。例如，保证金可能转为合作项目后期的预付款项，在后续业务实际发生且属于应税行为时，再按照规定开具发票。
三、综合考虑因素：
审查合同约定：首先要查看合同中是否有关于保证金不退还时是否需要开票的明确规定。如果有相关约定，应按合同约定执行。
遵循法律法规：根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，从事经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，原则上应向付款方开具发票。但具体是否开票还需结合实际情况和税务管理要求来判断。
考虑实际情况：在实际操作中，应考虑开具发票是否有助于明确双方的权利义务、是否符合税务管理要求以及是否具有实际意义。如果开具发票能够更好地保障双方权益、满足税务监管需求，则应考虑开具；反之，如果不开具发票更符合实际情况，那么可以选择不开具。
综上所述，对于不退还的保证金如何开票的问题，并没有一刀切的答案。而是需要根据具体的合同约定、法律法规以及实际情况等多个因素来综合考虑和判断。如果您在处理此类问题时感到困惑或不确定，建议咨询专业的律师或税务机构以获取更准确的法律意见和税务指导。