加班的二倍工资计算主要依据我国劳动法的相关规定，并且与劳动合同中的约定密切相关。以下是对加班二倍工资计算方法的详细解释：

一、计算基数的确定

加班工资的计算基数是首要考虑的因素，通常按照以下顺序确定：

1. 劳动合同约定：如果劳动合同中对加班工资的计算基数有明确约定，并且该约定不违反法律规定，那么应首先按照劳动合同中的约定执行。
2. 集体合同约定：如果劳动合同中没有明确约定，但集体合同中有相关规定，则按照集体合同约定的标准执行。
3. 实际工资确定：如果既没有劳动合同约定，也没有集体合同约定，那么加班工资的计算基数应按照劳动者本人正常劳动应得的工资来确定。这通常包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。

二、加班二倍工资的计算方法

在确定了计算基数之后，加班二倍工资的计算方法通常如下：

1. 月计薪天数：我国劳动法规定，月计薪天数为21.75天。
2. 计算公式：加班二倍工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（21.75天） × 2 × 休息日加班天数。

例如，如果某员工的月工资收入为6000元，在休息日加班了2天，那么他的加班二倍工资应为：6000 ÷ 21.75 × 2 × 2 = 约1103.45元。

三、特殊情况说明

1. 不定时工作制或综合计算工时工作制：如果所在单位实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制，加班工资的计算可能会有所不同，具体应参照当地劳动行政部门的相关规定或咨询专业法律人士。
2. 法定节假日加班：法定节假日加班的工资计算通常按照三倍工资的标准执行，而不是二倍。其计算方法与加班二倍工资类似，但倍数不同。

四、权益保障

如果用人单位拒绝支付加班工资，劳动者可以通过以下途径维护自身合法权益：

1. 劳动监察部门投诉：向当地劳动监察部门投诉用人单位的违法行为。
2. 申请劳动仲裁：如果投诉无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付加班工资及相应的赔偿。

综上所述，加班二倍工资的计算方法主要依据劳动合同中的约定和劳动法的相关规定来确定。在计算过程中，应首先确定计算基数，然后按照规定的公式进行计算。如果用人单位拒绝支付加班工资，劳动者可以通过法律途径维护自身权益。