员工申请劳动仲裁时，公司是可以反诉的。下面我将详细解释这一点，并给出相关的法律依据和注意事项。

一、公司反诉的权利与条件

在劳动仲裁程序中，公司作为被申请人，有权针对员工的仲裁诉求提出反诉求，即反诉。但反诉必须在特定期限内提出，并满足一定的条件，包括：

1. 主体条件：反诉的被反诉人必须是本诉的申诉人，即反诉与本诉的当事人要具有对应性。
2. 时间条件：应在劳动仲裁机构受理本诉后、作出仲裁裁决之前提出，以确保反诉能与本诉合并审理。
3. 管辖条件：反诉的仲裁请求事项应属于受理本诉的劳动仲裁机构管辖范围。
4. 关联条件：反诉的请求事项必须与本诉存在事实或法律上的牵连关系，比如基于同一劳动关系或同一劳动争议事实引发。
5. 目的条件：反诉目的应是为抵销、吞并本诉申诉人的仲裁请求。

二、公司反诉的法律依据

根据《劳动人事争议仲裁办案规则》等相关法律法规，被申请人在答辩期间可以提出反申请，仲裁委应自收到反申请五日内决定是否受理并通知被申请人。若反申请与原仲裁请求基于同一事实，仲裁委应合并审理。

三、公司反诉的注意事项

1. 证据准备：公司在反诉过程中，需要提供相应证据来支撑自身主张。证据应真实、合法、有效，并与反诉请求紧密相关。
2. 法律适用：公司应确保反诉请求符合相关法律法规的规定，避免提出无法律依据的反诉请求。
3. 程序合规：公司应严格按照劳动仲裁的程序要求提出反诉，确保反诉的合法性和有效性。

四、结论

综上所述，员工申请劳动仲裁时，公司是可以反诉的。但公司应确保反诉符合相关法律法规的规定和程序要求，并提供充分有效的证据来支撑自身主张。同时，公司也应积极应对员工的仲裁请求，维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。