土地出让金作为土地使用权出让的收益，其相关的管理和使用规定在我国已有一定的历史。关于土地出让金开始实施的年份，可以追溯到更早的时期，但具体到您提到的与农业土地开发相关的土地出让金使用规定，是从2004年开始明确实施的。

根据国务院发布的《国务院关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》（国发〔2004〕8号），从2004年起，国务院决定将部分土地出让金用于农业土地开发，以切实保护耕地，加强粮食综合生产能力建设，抑制城市盲目扩张，促进城乡协调发展。该通知详细规定了土地出让金用于农业土地开发的用途、比例、管理和监督等方面。

此外，关于土地出让金的征收管理，也经历了一些变革。例如，近年来财政部发文决定将国有土地使用权出让收入等四项政府非税收入划转税务部门征收，这一变革旨在规范政府非税收入的征管，提高征管效率。这一变革从2021年7月1日起在部分省份开始试点，并于2022年1月1日起全面实施。但这并不影响土地出让金作为土地使用权出让收益的本质和其历史沿革。

综上所述，与农业土地开发相关的土地出让金使用规定是从2004年开始明确实施的，而土地出让金作为土地使用权出让的收益，其存在和征收则有着更早的历史背景。