商业用房房产税的缴纳流程涉及多个环节，以下是根据您提供的信息整理出的详细解答：

一、房产税的计算方式

商业用房的房产税计算主要依据房产的计税余值或租金收入。

1. 从价计征：

   • 计税依据：房产原值一次减除10%～30%后的余值（具体扣除比例由地方政府确定）。
   • 税率：1.2%。
   • 计算公式：应纳税额 = 房产原值 × (1 - 扣除比例) × 1.2%。

2. 从租计征：

   • 计税依据：房屋出租取得的租金收入。
   • 税率：12%。
   • 计算公式：应纳税额 = 房产租金收入 × 12%。
   • 注意事项：租金收入需为不含增值税金额。

二、缴纳流程

1. 申报减免房产税认定：

   • 购房人需向主管税务机关申报减免房产税认定，并如实填写房产税认定申报表。
   • 提交所需材料，包括房产交易合同、契税完税凭证、购房人及其家庭成员的有效身份证明、户籍（或居住）证明和婚姻状况证明等。

2. 查询原有住房情况：

   • 购房人提交资料后，从主管税务机关领取《原有住房信息查询申请表》，向房屋状况信息部门查询原有住房情况。
   • 将取得的原有住房书面查询结果送主管税务机关。

3. 税务机关审核与认定：

   • 主管税务机关收到购房人提供的原有住房书面查询结果后，将在10个工作日内根据审核认定结果，向购房人签发房产税认定通知书。
   • 税务机关可根据需要会同相关部门复核购房人提供的有关信息。

4. 申报缴纳税款：

   • 纳税人应当在每年的12月31日前，凭有效身份证明原件自行向主管税务机关申报缴纳税款。
   • 缴清当年度应纳税款，未按时足额缴纳的，逾期缴纳的税款从次年1月1日起按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。

三、特殊场景处理

1. 免租期：

   • 免租期内虽无租金收入，但需按房产原值缴纳房产税。
   • 计算公式：年应纳税额 = 房产原值 × (1 - 扣除比例) × 1.2% × (免租期月数 / 12)。

2. 未出租或断租期间：

   • 商铺空置或断租时，按房产余值从价计征，税率1.2%。

3. 混合出租与空置期间：

   • 根据租赁合同时间，明确出租月份与空置月份，分别按租金收入和房产原值计税。

4. 部分自用、部分出租：

   • 根据用途分别按从价计税和从租计税处理，分摊房产原值后分别计算税额。

四、注意事项

• 确保提供的所有资料真实、完整，以避免影响房产税的认定和缴纳。
• 及时了解并遵守当地税务机关的相关政策和规定，确保合规缴纳房产税。
• 对于特殊情形（如人防地下车库、公共区域等），需根据具体情况进行特殊处理。

综上所述，商业用房房产税的缴纳流程涉及多个环节和细节，纳税人应仔细了解并遵循相关规定，确保按时足额缴纳税款。