因劳动纠纷而扰乱公司秩序的行为，公司可以采取一系列措施来处理。以下是我作为律师给出的专业建议：

1. 明确行为性质与后果：

   • 首先，公司应明确员工因劳动纠纷而采取扰乱行为的性质，这包括但不限于罢工、怠工、破坏公司财物、干扰正常业务运营等。
   • 根据行为的严重程度和造成的后果，公司可以依据相关法律法规和内部规章制度，对员工采取相应的纪律处分。

2. 依据法律法规处理：

   • 如果员工的行为违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》等相关法律法规，公司应及时报警，并配合警方进行调查处理。
   • 在法律框架内，公司可以依法追究员工的法律责任，包括要求员工赔偿因扰乱行为给公司造成的经济损失。

3. 内部规章制度处理：

   • 公司应依据内部规章制度，如员工手册、劳动合同等，对员工进行纪律处分。这可以包括警告、罚款、降职、解除劳动合同等。
   • 在处理过程中，公司应确保程序的公正性和合法性，避免侵犯员工的合法权益。

4. 沟通与协商：

   • 在采取任何处理措施之前，公司应尝试与员工进行沟通和协商，了解员工的诉求和不满，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 通过有效的沟通，可以化解矛盾，避免事态进一步恶化。

5. 预防措施：

   • 公司应建立健全的劳动纠纷预防机制，包括定期与员工进行沟通、了解员工需求、及时解决员工问题等。
   • 通过加强员工培训和宣传教育，提高员工的法律意识和职业素养，减少劳动纠纷的发生。

综上所述，因劳动纠纷而扰乱公司秩序的行为，公司应依据法律法规和内部规章制度进行处理，同时注重沟通与协商，以化解矛盾并维护公司的正常运营秩序。如果您在处理此类问题时遇到任何法律难题，可以直接向我咨询。