在办理商住公寓新房的房产证时，确实需要缴纳一些税费。以下是您需要了解的具体税费项目及其相关说明：

一、契税

契税是购房者在购买房产时必须缴纳的税费，它按照房产的实际交易价格的一定比例来计算。根据《中华人民共和国契税法》的相关规定，契税的税率在百分之三至百分之五之间，但具体的适用税率会由省、自治区、直辖市人民政府根据当地实际情况来确定。在公寓交易中，契税的缴纳比例通常按照实际交易价格的1%到3%来计算，这一费用由买方承担。

二、印花税

印花税是在房屋买卖合同签订时需要缴纳的税费，它根据房屋交易的总价值的一定比例来计算。通常情况下，印花税的缴纳比例是房屋交易总价值的0.03%，由购房者负责缴纳。印花税一般在签订房屋买卖合同时就需要一次性缴纳完毕。

三、其他可能涉及的税费

除了契税和印花税之外，办理商住公寓新房的房产证还可能涉及其他一些税费，如土地增值税等。这些税费的缴纳情况会根据具体的地区政策和房产交易情况而有所不同。因此，在办理过程中，您需要咨询当地的税务部门或相关机构，以确保您能够准确了解并缴纳所有应缴的税费。

综上所述，办理商住公寓新房的房产证需要缴纳的税费主要包括契税、印花税等，具体金额会根据房产交易价格、地区政策等因素来确定。在办理过程中，请务必遵循相关法律法规，确保税费缴纳的合法性和准确性。如果您对具体的税费缴纳情况有任何疑问或不确定的地方，建议及时咨询当地的税务部门或相关机构以获取准确的解答和帮助。