对于在监狱中患有传染病的犯人，处理方式会根据其病情严重程度、传染性以及监狱的医疗条件等多方面因素进行综合考虑。以下是一些具体的处理方式：
一、判决前的处理
在判决前，如果犯罪嫌疑人患有严重传染病，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，可以变更强制措施为取保候审或监视居住。这是为了保障其健康权益，并减少疾病在羁押场所内的传播风险。同时，对于必须羁押但患有传染病的犯罪嫌疑人，会将其关押在具备防护和治疗条件的专门场所。
二、判决后的处理
保外就医：
- 对于被判处有期徒刑或拘役的罪犯，如果其患有属于《保外就医严重疾病范围》内的严重传染病，并且符合保外就医的条件，可以申请暂予监外执行以进行必要的医疗救治。但需要注意的是，对可能有社会危险性或自伤自残的罪犯，不得保外就医。
- 保外就医需要由罪犯本人或其亲属、监护人提出保证人，并经监狱、看守所审查确定。如果没有亲属、监护人，可以由村（居）民委员会、原所在单位或社区矫正机构推荐保证人。
监狱内隔离治疗：
- 对于病情较轻或不适合保外就医的患病罪犯，监狱会将其安排在专门的隔离区域进行监管和治疗。这些隔离区域与其他监区相隔离，实行更严格的管理制度，以确保疾病不会传播到其他监区。
- 在隔离区域内，监狱会配备相应的医疗设施和医护人员，对患病罪犯进行定期检查和照顾，加强个人卫生管理和监督，并提供适当的营养支持和调整。
转至特殊监狱：
- 当普通监狱不具备治疗条件时，患病罪犯可以被转至设有专门收押患病罪犯的监狱或监区。这些特殊监狱或监区具备更专业的医疗条件和防控措施，能够为患者提供更针对性的治疗和管理。
三、特殊管理规定与医疗保障
- 在收押前，看守所会对人犯进行健康检查。如果发现患有急性、恶性传染病等不符合收押条件的情形，将不予收押，并采取隔离治疗措施。
- 在羁押期间，如果犯人患上传染病，看守所会及时提供必要的医疗救治，包括隔离、药物治疗、观察等措施。并根据病情严重程度考虑送往专门医疗机构治疗。
综上所述，对于患有传染病的犯人，司法机关会采取一系列合法、合理且人性化的处理措施和治疗方案。这些措施旨在确保犯人的生命安全和身体健康，有效防止疾病传播，同时充分尊重其人权和尊严。