在行政搬迁补偿协议纠纷中，起诉主体的确定主要依据协议的性质和签订协议的主体。一般来说，如果拆迁主体为行政机关且是征收拆迁，对补偿协议有异议，应以房屋征收部门，即作出该行政行为的行政机关为被告提起行政诉讼。以下是对这一结论的详细解释：

1. 行政机关作为拆迁主体：

   • 当行政机关作为拆迁主体，并与被拆迁人签订补偿协议后，若被拆迁人对补偿协议有异议，应直接以房屋征收部门为被告提起行政诉讼。这是因为行政机关在征收拆迁过程中具有行政优益权，其作出的补偿决定或签订的补偿协议均属于行政行为，因此产生的争议属于行政争议，应通过行政诉讼解决。

2. 民事合同关系下的拆迁补偿协议：

   • 虽然行政协议具有行政性，但它同样遵循合同相对性原则。如果拆迁基于民事合同关系，如拆迁人与被拆迁人之间直接签订的拆迁补偿协议，且双方对协议内容产生争议，那么可以将合同相对方作为被告提起民事诉讼。但这种情况在行政搬迁中较为少见，通常行政机关会作为拆迁的一方主体。

3. 政府委托相关主体拆迁的情况：

   • 在某些情况下，政府可能会委托相关主体（如拆迁公司、开发企业等）进行拆迁工作。此时，若对补偿协议有异议，可能需要综合判断委托关系、具体行政行为作出主体等因素来确定适格被告。但无论如何，房屋征收部门作为行政行为的作出者，通常应承担相应的法律责任。

综上所述，在行政搬迁补偿协议纠纷中，起诉主体一般应为房屋征收部门，即作出该行政行为的行政机关。若您对此类问题有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。