抚养权在女方但是由男方抚养的情况，在实际法律实践中是需要妥善处理的。以下是对这一问题的详细解答：

结论前置

抚养权在女方但实际由男方抚养，双方可通过协议明确权利义务，或男方可主张女方支付抚养费。若满足法定条件，也可申请变更抚养权。

详细解答

1. 协议明确权利义务：

   • 若双方对抚养事实无异议，可通过签订书面协议来明确各自的权利义务。协议内容可包括男方实际抚养孩子期间的相关费用承担、孩子教育等事宜的约定。这样的协议在日后若出现纠纷时，可作为重要依据。

2. 主张抚养费：

   • 若双方无法达成协议，男方可主张要求女方支付孩子的抚养费，以弥补其在抚养孩子过程中所产生的经济支出。抚养费的计算通常考虑子女的实际需要（如生活、教育、医疗等费用）、父母双方的负担能力（包括收入、财产状况等）以及当地的实际生活水平。有固定收入的，一般可按其月总收入的百分之二十至三十的比例给付；无固定收入的，可依据当年总收入或同行业平均收入，参照上述比例确定。

3. 探视权：

   • 在这种情况下，女方仍享有对孩子的探视权等法定权利。男方应保障女方的探视权，确保女方能定期与孩子见面交流。

4. 变更抚养权：

   • 如果男方有充分证据证明女方存在不利于孩子成长的情形，或者双方协商一致认为变更抚养权更有利于孩子的成长，可以向法院申请变更抚养权。法院会综合考虑双方的抚养能力、抚养条件以及孩子的意愿等因素，依法作出裁决。

综上所述，抚养权在女方但实际由男方抚养的情况，双方应通过协商或法律途径来妥善处理。若有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。