房地产开发企业在预售阶段已开发票，确实需要预缴增值税。具体分析如下：

根据财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的相关通知，以及广东省国税局、广东省财政厅发布的营改增试点行业纳税遵从指引，房地产开发企业中的一般纳税人、小规模纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时预缴增值税。这一规定适用于所有房地产开发企业，无论其是否已经开具了增值税发票。

预缴税款的计算方式如下：应预缴税款 = 预收款 ÷ (1 + 适用税率或征收率) × 3%。其中，适用一般计税方法计税的，按照9%的适用税率计算；适用简易计税方法计税的，按照5%的征收率计算。一般纳税人应在取得预收款的次月纳税申报期向主管税务机关预缴税款。

因此，即使房地产开发企业在预售阶段已经按照9%的税率开具了增值税发票，并申报了增值税，仍然需要按照3%的预征率预缴增值税。这是税法规定的义务，必须履行。

需要注意的是，预缴的增值税可以在后续的纳税申报中进行抵减。一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应按照规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和9%的适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。

综上所述，房地产开发企业在预售阶段已开发票后，仍需要按照3%的预征率预缴增值税。这是税法规定的义务，必须严格履行。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。