关于“教师收护照有什么后果”这一问题，首先需要明确的是，护照是公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件，任何组织或者个人不得擅自收缴或者扣押。因此，如果教师的护照被非法收取，这本身就是一个不合法的行为。
针对您提到的具体情境，即某地区教育局要求收取所有在职在编教师的护照及港澳通行证，这一做法引发了关于其合法性的讨论。从法律角度来看，除非有明确的法律依据或者经过法定程序，否则任何机构或个人都无权要求公民上交其护照。
如果教师的护照真的被收取了，可能会产生以下后果：
侵犯个人权益：护照是公民的重要身份证件，也是其出国旅行、探亲、访友等活动的必备文件。被非法收取护照意味着教师的出国自由受到限制，这直接侵犯了其合法权益。
法律风险：如果收取护照的行为没有法律依据，那么相关责任人可能会面临法律风险。一旦有教师对此提出异议或诉讼，相关机构和个人可能需要承担法律责任。
影响工作和生活：对于需要经常出国交流、学习或探亲的教师来说，护照的被收取将对其工作和生活产生严重影响。他们可能无法按时参加国际学术会议、无法进行海外研修或探亲等活动。
引发社会质疑：这种做法也容易引起社会的广泛质疑和不满。人们可能会担心这种做法是否侵犯了公民的隐私权和其他基本权利，进而对相关部门的公信力和形象产生负面影响。
综上所述，非法收取教师护照的行为是不合法的，且可能带来一系列严重的后果。因此，建议相关部门在做出类似决定时务必谨慎考虑其合法性和合理性，并充分尊重和保护公民的合法权益。如果教师的护照被非法收取，他们可以通过法律途径来维护自己的权益。