关于违章建筑的认定主体，这是一个涉及多个政府部门和法律法规的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：

结论前置：违章建筑的认定和处理主要由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门、乡（镇）人民政府、自然资源部门以及城市管理综合行政执法部门负责，具体认定需依据相关法律法规及地方性规定。

详细分析：

1. 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门：

   • 这是城市规划区内违章建筑的主要认定主体。依据《中华人民共和国城乡规划法》，该部门负责建筑规划审批和监管，对违反规划法进行建设的行为有权查处，并认定为违章建筑。例如，未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的建筑物，将由该部门进行处理。

2. 乡（镇）人民政府：

   • 在乡、村庄规划区内，乡（镇）人民政府负责规划和建设管理。对未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定建设的行为，乡（镇）人民政府有权认定为违章建筑，并依法进行处理。这主要适用于农村地区的建筑管理。

3. 自然资源部门：

   • 针对违反《中华人民共和国土地管理法》进行建设的行为，自然资源部门也有权认定该建筑为违章建筑。这主要涉及到非法占用土地或超范围使用土地进行建设的情况。自然资源部门将依据土地管理法规进行查处。

4. 城市管理综合行政执法部门：

   • 在一些地区，城市管理综合行政执法部门被赋予了对违章建筑的认定和查处权。这是通过行政权力相对集中实现的，旨在提高城市管理效率和违章建筑处理的及时性。该部门将依据相关法律法规和地方性规定进行违章建筑的认定和处理工作。

总结与建议：

违章建筑的认定是一个涉及多个政府部门和法律法规的综合性问题。不同区域和不同类型的违章建筑可能由不同的部门负责认定和处理。因此，如果你面临违章建筑相关的问题，建议首先明确你的建筑所在区域和涉嫌违规的具体内容，然后咨询当地相关部门或专业律师以了解具体情况和应对策略。

在实际操作中，确定违章建筑的认定主体和法律依据需综合考虑多种因素。对于疑似违章建筑的情况，建议尽快与当地城乡规划主管部门、乡（镇）人民政府或自然资源部门取得联系，以获取准确的指导和帮助。同时，也可以考虑咨询专业律师，以获取更全面的法律建议和支持。