虚开增值普通发票是一种违法行为，其处理方式会根据具体情况有所不同。以下是对此问题的详细解答：
一、税务机关的处理措施
没收违法所得：
- 税务机关在发现虚开增值普通发票的行为后，会首先没收违法所得。
罚款：
- 若虚开金额在1万元以下，税务机关可以同时并处5万元以下的罚款。
- 若虚开金额超过1万元，则会并处5万元以上50万元以下的罚款。
刑事处罚：
- 当虚开增值普通发票情节严重时，可能构成虚开发票罪。依据《刑法》规定，情节严重的，会处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，同时还要并处罚金。
- 若情节特别严重，将处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 对于单位犯罪，不仅要对单位判处罚金，还会对单位里直接负责的主管人员和其他直接责任人员，按照上述规定进行处罚。
二、根据取得方的善恶意及后果的综合判断
非善意取得：
- 纳税申报与滞纳金：需调增应纳税所得额并补缴企业所得税，同时自滞纳税款之日起，每日按滞纳税款的万分之五加收滞纳金。
- 行政处罚：可能面临偷税罚款和虚开发票罚款。
- 刑事处罚：若涉及金额较大，可能触犯《中华人民共和国刑法》，面临刑事处罚。
善意取得：
- 重新取得合法有效发票：如能重新从销售方取得合法有效的专用发票，并提供相关证明，其购进货物或应税劳务的进项税额可抵扣，相应成本费用可在企业所得税前扣除。
- 无法重新取得合法有效发票：相关支出不得在发生年度税前扣除，企业应调增该年度应纳税所得额并补缴企业所得税，但此种情况下不加收滞纳金。
三、建议与总结
- 加强财务管理和合规审查：企业在日常经营中应确保所取得的发票真实、合法、有效，加强财务管理和合规审查。
- 及时沟通更换合法发票：一旦发现发票存在问题，应立即与开票方沟通更换合法发票，以避免潜在的法律风险和经济损失。
- 咨询专业律师或税务机构：对于不确定的情况，建议及时咨询专业的律师或税务机构以获得准确的法律指导。
- 严格遵守税法规定：企业应以此为戒，严格遵守税法规定，避免虚开或接受虚开发票的行为。
综上所述，虚开增值普通发票的处理方式会根据具体情况有所不同，包括税务机关的处理措施、根据取得方的善恶意及后果的综合判断以及相应的建议与总结。企业应严格遵守税法规定，加强财务管理和合规审查，以确保自身合法权益。