当营业执照注销后，处理淘宝企业店铺的问题，主要需从以下几个方面进行：

1. 店铺状态处理：首先，营业执照注销意味着企业法人资格终止，淘宝企业店铺将无法继续以该企业名义运营。因此，你需要及时登录淘宝卖家中心，将企业店铺转为个人店铺（如符合淘宝平台规定）或进行店铺关停操作。

2. 资产与负债清算：在注销营业执照前，应确保企业店铺的所有交易已完成，资金已结算清楚，无未了结的订单或债务。若有，需与买家或债权人协商解决，避免后续法律纠纷。

3. 消费者权益保护：对于已售出的商品，应继续履行相应的售后服务义务，如退换货、维修等，直至消费者权益保护期结束。这不仅是商业道德的要求，也是法律规定的责任。

4. 税务与发票处理：需向税务部门办理相关税务注销手续，并确保所有应缴税款已缴清。同时，对于已开具的发票，应妥善保存备查，避免税务风险。

5. 法律合规性审查：在注销营业执照及处理店铺事宜的过程中，应确保所有操作均符合相关法律法规的规定，避免触犯法律红线。

综上所述，营业执照注销后，淘宝企业店铺的处理需谨慎而全面，以确保企业合规退出市场，并保护消费者和企业的合法权益。如有任何具体法律问题或操作疑虑，可直接向我咨询。