工程合同约定的付款比例确实可以通过补充协议进行修改。以下是详细的分析和说明：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。工程合同作为民事合同的一种，同样适用这一原则。因此，只要合同双方就付款比例的变更达成一致意见，并通过签订补充协议等书面形式对原合同进行修改，这种变更就是有效的。

2. 变更要求：

   • 书面形式：为避免日后产生纠纷，变更付款比例时最好采用书面形式订立补充协议，明确变更的具体内容，包括新的付款比例、变更的生效时间等关键信息。
   • 合法性：变更后的付款比例不得违反法律法规的强制性规定，也不得通过显失公平的条款损害任何一方的合法权益。
   • 程序遵循：如果工程合同本身有关于合同变更的特定程序要求，如需要经过特定审批流程，那么在变更付款比例时也应当严格遵循这些程序。

3. 特殊情形：

   • 对于通过招投标方式签署的工程合同，支付比例的调整并不一定构成实质性变更。是否构成实质性变更，需要根据具体情况进行综合判断，包括但不限于变更的内容、量化程度、对其他投标人中标的可能性影响以及是否较大影响招标人与中标人的权利义务等因素。

4. 违约责任与争议解决：

   • 在调整付款比例时，双方应在补充协议中明确违约责任条款，以确保合同的完整性和执行力。
   • 如果因付款比例变更引发争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，可以依法向有管辖权的人民法院提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，工程合同中的付款比例是可以通过补充协议进行修改的，但前提是必须遵循法律法规的强制性规定，并确保变更的合法性和有效性。在实际操作中，建议双方充分沟通、协商一致，并严格遵循法律法规和合同约定的程序进行变更。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。