生物工程专业的毕业生是可以报考执业药师（包括中药师）的。根据执业药师考试的报考政策，考生需同时满足学历、专业、工作年限三项要求。在专业方面，除了药学类、中药学类专业可以直接报考外，还包括了相关专业，如生物工程等。

不过，需要注意的是，即便专业符合要求，考生还需要满足一定的工作年限要求。具体来说，如果考生是本科学历，那么需要毕业后累计3年的相关工作经验才能报考；如果是大专学历，则需要5年的工作经验。因此，生物工程专业的毕业生在报考前，需要确保自己已经满足了相关的工作年限要求。

总的来说，生物工程专业的毕业生具备报考执业药师（包括中药师）的资格，但在报考前需要仔细核对自己的学历、专业以及工作年限是否符合报考要求。如果符合所有条件，那么就可以按照相关流程进行报名和考试了。