要证明父女身份但父女不在同一个户口本上，您可以通过以下几种方式来办理亲属关系证明：

一、线下办理

您可以前往户籍所在地的派出所，提交居民身份证、户口簿（如果可有的话，即使不在同一户口本上，也应携带）以及其他可能需要的申请材料，如出生证明、结婚证（如果您是通过婚姻关系与父亲建立联系的）等，来申请开具亲属关系证明。派出所会根据您提供的材料和户籍记录来核实并开具证明。

二、线上办理（以部分地区为例）

1. 通过官方政务服务平台：部分地区如重庆等，已经实现了亲属关系证明的全程网办。您可以登录当地政务服务平台（如“警快办”），按照提示选择“户政专区”，然后选择“其他户口登记服务事项”里的“开具户籍类证明”，接着点击“开具亲属关系证明”进行在线申报。

2. 通过手机APP：部分地区如吉林等，推出了手机APP（如“吉事办”），您可以在APP上搜索或直接找到“亲属关系证明”服务，通过人脸认证后，输入亲属的姓名和身份证号，即可提交申请并查看、下载或分享亲属关系证明。这种方式非常便捷，且已开具的证明通常具有与纸质版同等的法律效力。

三、其他可能的方式

• 如果您有档案、学籍、工作记录等其他官方文件能够证明父女关系，也可以作为辅助材料使用。
• 如果父亲或女儿曾经有过户籍迁移、更名等记录，可能需要在原户籍所在地的派出所或档案馆查询相关档案，以获取证明。

无论选择哪种方式，都建议您提前了解当地的办理流程和要求，准备好必要的申请材料，并确保所提供的信息准确无误。如果遇到困难或疑问，可以向当地派出所或政务服务平台咨询寻求帮助。