海关总署当然有权利。海关总署作为国务院直属机构，其权利主要体现在以下几个方面：
行政管理权：海关总署负责全国海关工作、组织推动口岸“大通关”建设、海关监管工作、进出口关税及其他税费征收管理、出入境卫生检疫和出入境动植物及其产品检验检疫、进出口商品法定检验、海关风险管理、国家进出口货物贸易等海关统计、全国打击走私综合治理工作、制定并实施海关科技发展规划以及实验室建设和技术保障、海关领域国际合作与交流、垂直管理全国海关、完成党中央国务院交办的其他任务等。这些都是海关总署作为行政机关所享有的基本权利。
法规制定权：海关总署还有权制定相关的行政法规、规章以及规范性文件，以规范海关管理和服务行为，确保海关工作的合法性和有效性。
监督检查权：海关总署有权对全国海关的工作进行监督检查，确保各海关严格按照法律法规和规章制度执行，维护国家海关管理的秩序和利益。
处罚权：对于违反海关法律法规的行为，海关总署及其下属海关机构有权依法进行处罚，包括罚款、没收违法所得、暂停或取消相关资格等。
综上所述，海关总署作为国务院直属机构，享有广泛的行政管理权、法规制定权、监督检查权以及处罚权等，以确保国家海关管理的顺利进行和海关法律法规的有效实施。如果你对海关总署的具体权利或相关法规有疑问，可以直接向我咨询。