关于水利工程供水是否征收增值税自来水的问题，我可以明确给出以下结论：

城镇公共供水企业缴纳的水资源税在终端综合水价中单列的部分，可以在增值税计税依据中扣除，按照“不征增值税自来水”项目开具普通发票。

这一结论是基于国家税务总局、财政部、水利部联合发布的关于水资源税有关征管问题的公告（国家税务总局 财政部 水利部公告2024年第12号）中的明确规定。该公告明确指出，城镇公共供水企业在缴纳水资源税时，如果其缴纳的水资源税在终端综合水价中单列，那么这部分金额可以在增值税计税依据中扣除，并按照“不征增值税自来水”项目开具普通发票。

因此，对于水利工程供水而言，如果是城镇公共供水企业提供的，并且其缴纳的水资源税在终端综合水价中单列，那么这部分供水是不征收增值税自来水的。这一政策规定有助于减轻城镇公共供水企业的税收负担，促进其健康发展，并保障居民用水的稳定供应。

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