借款合同中的仲裁协议对担保合同是否有效，取决于担保合同是否明确约定适用该仲裁协议。以下是对这一问题的详细分析：

1. 仲裁协议的独立性：

   • 仲裁协议通常被视为独立于主合同（如借款合同）的条款，具有相对的独立性。这意味着，即使主合同无效或被解除，仲裁协议仍可能有效，除非仲裁协议本身存在无效的情形。

2. 担保合同与借款合同的关联：

   • 担保合同是为了保障借款合同项下债权的实现而设立的。虽然担保合同与借款合同在内容上存在关联，但它们各自都是独立的合同，具有各自的法律效力。

3. 仲裁协议在担保合同中的适用：

   • 如果担保合同中明确约定了适用借款合同中的仲裁协议，或者担保合同本身包含了与借款合同相同的仲裁条款，那么仲裁协议对担保合同同样有效。
   • 如果担保合同中没有明确约定适用借款合同的仲裁协议，也没有包含独立的仲裁条款，那么仲裁协议对担保合同不产生法律效力。在这种情况下，如果因担保合同发生争议，当事人不能依据借款合同的仲裁协议提起仲裁。

4. 法律后果：

   • 如果仲裁协议对担保合同有效，且当事人之间因担保合同发生争议，当事人应当按照仲裁协议的约定提起仲裁，而不是向法院提起诉讼。
   • 如果仲裁协议对担保合同无效，当事人之间因担保合同发生争议时，可以选择向法院提起诉讼来解决争议。

综上所述，借款合同中的仲裁协议对担保合同是否有效，关键在于担保合同是否明确约定适用该仲裁协议。因此，在签订担保合同时，当事人应当注意审查合同中是否包含了有效的仲裁条款或是否明确约定了适用借款合同的仲裁协议，以确保自身权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。