当您遇到电子发票已被作废但对方已经报销的情况时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是一套详细且有条理的处理方案，希望能帮助您妥善解决这一困扰：
一、立即查明发票作废原因
首先，您需要尽快与发票开具方取得联系，明确发票被作废的具体原因。这可能是因为发票开具错误、内容不实、系统故障或双方之间的误解等原因导致的。了解作废原因后，您可以更有针对性地采取后续措施。
二、与报销单位沟通协商
- 及时通报情况：一旦发现发票被作废，应立即向报销单位的财务部门或相关负责人报告情况，并提供与发票开具方的沟通记录及发票作废的相关证明材料。
- 商讨解决方案：与报销单位共同商讨解决方案，如采用发票复印件、开具情况说明或其他替代方式完成报销流程。确保双方对解决方案达成一致，并尽可能减少对您和报销单位的影响。
三、调整账务与税务处理
- 冲销原报销凭证：在获得报销单位同意后，根据相关财务规定，对原已报销的凭证进行冲销处理，以确保财务账目的准确性。
- 重新入账：如果发票开具方能够重新开具发票，您应按照正常的报销流程重新进行入账处理，并核对新发票信息与原报销事项的一致性。
- 关注税务影响：发票作废可能涉及税务问题，如进项税额的转出等。您应及时向税务机关咨询相关政策，并按照税务要求进行相应的税务调整和申报，以避免潜在的税务风险。
四、联系税务机关并保留证据
- 报告税务机关：将发票作废的情况报告给当地税务机关，并提供相关证据，如作废的发票、报销记录、与发票开具方的沟通记录等。税务机关将会对此进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。
- 妥善保管证据：在整个处理过程中，务必妥善保管所有相关的证据和文件。这些证据将在需要时证明发票作废的原因和处理过程的合法性，对于解决纠纷至关重要。
五、寻求专业帮助
如果处理过程中遇到复杂问题或与发票开具方、报销单位无法达成一致，或者涉及到较大的经济利益和法律责任，建议您及时咨询专业的税务顾问或律师。他们可以根据具体情况提供详细的法律建议，并协助您通过法律途径解决纠纷。
总之，处理电子发票作废但对方已经报销的问题需要谨慎而细致的操作。遵循上述步骤，您可以更有效地应对这一挑战，并确保您的权益得到妥善保护。