个人养老金提取时，按照3%的税率计算缴纳的个人所得税，是针对本金和收益的总和来计算的，而不是仅针对本金或收益单独计算。

根据国家政策规定，个人养老金在缴费环节可以享受税前扣除优惠，即按照每年12000元的限额标准，在综合所得或经营所得中据实扣除。而在投资环节，计入个人养老金资金账户的投资收益是暂不征收个人所得税的。然而，在领取环节，个人领取的个人养老金（包括本金和收益）则需要单独按照3%的税率计算缴纳个人所得税。

这一规定是为了鼓励个人参与养老金制度，为未来的养老生活提供更多保障，同时也通过税收优惠来减轻个人的税收负担。但需要注意的是，在领取个人养老金时，应依法缴纳相应的个人所得税。