灵活就业人员医保个人账户是否有钱，主要取决于其缴纳的医保类型以及所在地区的医保政策。

首先，要明确的是，医保分为职工基本医疗保险和城乡居民基本医疗保险两种。职工基本医疗保险通常包括统筹账户和个人账户，而城乡居民基本医疗保险则只有统筹账户，没有个人账户。对于灵活就业人员来说，如果他们选择缴纳的是城乡居民基本医疗保险，那么其医保个人账户是不会有钱的。

其次，如果灵活就业人员选择的是职工基本医疗保险，那么情况就会复杂一些。在一些地区，职工医保是分档的，不同档次的医保缴费标准和待遇也不同。以深圳为例，深圳基本医疗保险一档（原综合医疗）的参保人拥有医保个人账户，而二档（原住院医疗）和三档（原劳务工医疗）的参保人则没有医保个人账户。因此，如果灵活就业人员选择的是低档次的职工医保，那么其医保个人账户也可能没有钱。

此外，即使灵活就业人员选择的是有个人账户的职工医保档次，也需要注意个人账户的余额情况。个人账户的余额是由当地医保部门按月拨付的，如果查询发现余额为零，可能是因为查询方式不正确、社保系统运行问题或者缴费未到账等原因。这时，建议参保人员与所在单位或当地医保部门联系，确认医保缴费情况并查询个人账户余额。

综上所述，灵活就业人员医保个人账户是否有钱取决于其缴纳的医保类型、所在地区的医保政策以及个人账户的余额情况。如果对此有疑问或需要更详细的信息，建议咨询当地医保部门或相关机构。