一天两次违章扣12分，一般不可以分开处理。下面我将从几个方面对此进行详细解释：

1. 违章处理的原则：

   • 交通违章处理通常遵循“一事一罚”的原则，即每次违章行为都会独立受到相应的处罚。
   • 然而，当同一天内发生多次违章且累计扣分达到或超过12分时，通常会按照一次严重的违章行为来处理，并一次性扣除相应的分数。

2. 扣分与处罚的执行：

   • 在大多数情况下，交通管理部门不会将两次违章的扣分分开处理，而是会合并计算。
   • 这意味着，如果一天两次违章累计扣分达到12分，驾驶员将面临一次性的扣分处罚，并可能需要重新参加交通安全法律、法规和相关知识的学习与考试。

3. 特殊情况的处理：

   • 尽管一般情况下不会分开处理，但在某些特殊情况下，如两次违章的性质、情节和后果差异极大，且交通管理部门认为有必要分开处理时，可能会考虑对两次违章进行分别处理。
   • 然而，这种情况较为罕见，且具体处理方式会根据当地的交通管理规定和实际情况而定。

综上所述，一天两次违章扣12分通常不可以分开处理。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。