当被害人提起上诉后又撤回起诉的案件，检察院的处理方式主要依据案件的实际情况和法律规定来进行。以下是一种可能的处理流程：

首先，检察院会审查撤回起诉的请求是否合法和自愿。如果确认无误，检察院会尊重被害人的选择，并依据相关法律程序进行处理。

接下来，检察院会根据案件的具体情况来决定后续的行动。以下是几种可能的情况：

1. 案件终结：

   • 如果被害人自愿且合法地撤回起诉，并且法院裁定准予，那么案件可能会就此终结。检察院将不再对该案件进行进一步的公诉。

2. 补充证据后重新起诉：

   • 如果撤回起诉是因为证据不足或其他可补正的原因，检察院可能会选择补充证据后重新起诉。在此过程中，检察院可能会与公安机关密切合作，共同补充和完善案件证据。

3. 作出不起诉决定：

   • 在某些情况下，如果检察院认为案件证据不足，无法支持起诉，或者案件存在其他依法不应当追究刑事责任的情形，检察院可能会作出不起诉决定。

4. 涉及财产的案件处理：

   • 如果案件涉及财产，撤回起诉后，已采取的保全措施等将根据具体情况进行处理，如解除保全等。

此外，值得注意的是，撤回起诉并不意味着犯罪嫌疑人或被告人完全摆脱了法律责任。如果后续发现新证据或案情发生变化，检察院仍有可能根据新的情况重新提起公诉。

在整个处理过程中，检察院会严格遵循法律程序，确保案件的公正、公平和合法。同时，检察院也会与公安机关、法院等相关部门保持密切沟通协作，共同推动案件的妥善处理。

总的来说，撤回起诉被害人上诉的案件，检察院的处理方式取决于案件的实际情况和法律规定。在处理过程中，检察院会尊重被害人的选择，并依法进行后续操作。