商品房楼顶加层是否合法，主要取决于是否经过了合法的审批程序以及是否符合相关的城乡规划法和建筑法规。

首先，从法律角度来看，商品房的建设规划和设计都是经过相关部门严格审批的。如果在楼顶擅自加盖一层，这往往会被视为无规划支持的违建，因为它违背了原先审批通过的规划方案与设计图纸。这种行为不仅可能对建筑物的结构安全构成威胁，加重负荷，还可能侵害其他业主的共同权益。

根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。对于尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，会限期改正并处以罚款；而对于无法采取改正措施消除影响的，则会限期拆除，甚至可能面临没收实物或违法收入以及额外的罚款。

因此，如果您想在商品房楼顶进行加层，必须先向相关部门申请变更规划许可，并经过合法的审批程序。只有在获得了必要的批准之后，才能进行加层建设。否则，您可能会面临严重的法律后果，包括但不限于限期拆除、罚款以及可能的刑事责任。

综上所述，商品房楼顶加层并非简单的行为，而是需要严格遵守相关法律法规和审批程序。在进行任何建设活动之前，请务必咨询相关部门并获取必要的批准，以避免不必要的法律风险和损失。