免税农业企业所得税的依据主要包括以下几个方面：

首先，根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条的规定，企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税。这是免税农业企业所得税的基本法律依据。

其次，具体到免税的范围和条件，由《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）第八十六条进一步明确。该条例规定，企业从事如蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植，以及农作物新品种的选育、中药材的种植、林木的培育和种植、牲畜和家禽的饲养等一系列农、林、牧、渔业项目，可以免征企业所得税。同时，也规定了部分项目如花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植，海水养殖、内陆养殖等，可以减半征收企业所得税。

此外，国家税务总局还发布了《关于实施农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠问题的公告》（国家税务总局公告2011年第48号），对享受税收优惠的农、林、牧、渔业项目的具体执行标准进行了规定。例如，企业从事农作物新品种选育的免税所得，是指企业对农作物进行品种和育种材料选育形成的成果，以及由这些成果形成的种子（苗）等繁殖材料的生产、初加工、销售一体化取得的所得。同时，公告还明确了企业从事农产品的再种植、养殖的税务处理，以及企业同时从事适用不同企业所得税政策规定项目的核算方法等问题。

最后，值得注意的是，并非所有与农业相关的活动都能享受免税政策。例如，企业购买农产品后直接进行销售的贸易活动产生的所得，就不能享受农、林、牧、渔业项目的税收优惠政策。同时，企业从事国家限制和禁止发展的项目，也不得享受相关的企业所得税优惠。

综上所述，免税农业企业所得税的依据主要包括企业所得税法及其实施条例、国家税务总局的相关公告等法律法规和政策文件。企业在享受税收优惠的同时，也需要严格遵守相关规定，确保自身活动的合法性和合规性。