检查院不起诉的流程主要包括以下步骤：
一、审查与提出不起诉意见
- 承办检察官在审查案件终结后，如果认为案件符合不起诉条件，会提出不起诉的意见，并将此意见连同全部案卷材料，在审查期限届满前的合理期限内，报送给部门负责人进行审核。
二、部门负责人审核
- 部门负责人会对案件进行进一步审核，并根据审核结果作出以下处理：
- 如果认为案件需要继续审查并补充侦查，会由承办检察官决定将案件退回补充侦查或者自行补充侦查。
- 如果认为案件确实符合不起诉条件，会召开员额检察官联席会议进行讨论，并制作《检察官联席会议案件讨论笔录》。
三、员额检察官联席会议讨论
- 员额检察官联席会议会对案件进行深入讨论，并根据讨论结果作出以下处理：
- 如果大多数员额检察官认为应当起诉，且承办检察官也同意起诉，那么案件将转入起诉工作流程。
- 如果大多数员额检察官认为应当补充侦查，会由承办检察官决定将案件退回补充侦查或者自行补充侦查。
- 如果大多数员额检察官认为应当起诉，但承办检察官不同意，或者大多数员额检察官均同意作不起诉处理，那么案件将呈报检察长，由检察长决定不起诉或者提交检察委员会讨论。
四、检察长或检察委员会决定
- 检察长或检察委员会会根据案件情况，作出以下处理：
- 如果检察长同意作不起诉决定，或者检察委员会讨论决定不起诉，那么承办检察官会依法制作不起诉的相关文书，并将这些文书层报主管副检察长审批。
- 如果检察委员会讨论决定起诉，那么承办检察官会根据起诉工作流程将案件起诉至人民法院。
五、不起诉决定的执行与后续工作
- 一旦决定不起诉，承办检察官会及时完成以下工作：
- 在当次审查期限内，公开宣布不起诉决定，并将这一活动记录在宣告不起诉笔录中。
- 根据决定内容，对被不起诉人进行训诫，或者责令其具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失。
- 根据被不起诉人的强制措施情况，予以解除或释放。
- 如果决定没收被不起诉人的违法所得，会填写相关意见书和清单，报检察长签发。
- 如果需要对侦查中扣押、冻结的财物解除扣押、冻结，会层报检察长批准后，通知相关机关执行。
- 在公开宣布不起诉决定后三日内，完成《不起诉决定书》的送达及案卷的退卷工作。
六、跟踪与复议、申诉处理
- 刑检部门会跟踪不起诉案件的复议、申诉等工作，包括处理公安机关的复议要求、被害人的申诉以及法院的通知等。
此外，对于某些存在较大争议且在当地有较大社会影响的案件，人民检察院还可以根据相关规定进行公开审查，以充分听取各方意见，为是否作不起诉处理提供参考。公开审查的程序及内容也有详细规定，确保公开、公正、公平。
总的来说，检查院不起诉的流程是一个严谨、细致的过程，需要承办检察官、部门负责人、员额检察官联席会议、检察长或检察委员会等多级审核与讨论，以确保案件处理的准确性和公正性。