农民工个人所得税由农民工个人承担，但通常由用人单位在发放工资时依法代扣代缴。下面我将详细解释这一结论：

一、纳税义务人

根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税的纳税义务人为取得所得的个人。农民工不论是城市户口还是农村户口，只要在中国境内有住所，或者无住所但在境内居住满一年，其从中国境内取得的工资、薪金等收入均属于“综合所得”的范畴，因此农民工本人是纳税义务人，有义务按照法律规定缴纳个人所得税。

二、代扣代缴义务人

为了便于税收征管和提高纳税效率，单位在向农民工支付工资时，承担着代扣代缴的义务。这意味着用人单位在发放工资前，需要按照税法规定计算出应缴纳的个人所得税金额，并从工资中扣除这部分税款，然后将剩余的工资支付给农民工。这一过程称为“代扣代缴”。

具体来说，单位会采用累计预扣法来计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。例如，某建筑公司每月支付农民工工资，公司在发放工资时，会根据农民工的扣除项目（如基本费用减除、专项扣除、专项附加扣除等）计算其应预缴的个人所得税，并从工资中扣除这部分税款后，再将剩余金额支付给农民工。之后，公司需按规定时间将扣除的税款缴纳给税务机关。

三、实际操作的意义与注意事项

这种代扣代缴机制既确保了税款的及时缴纳，也方便了农民工更好地管理自己的财务。对于农民工而言，无需自行前往税务机关缴税，减少了时间和精力的消耗；对于用人单位而言，则通过履行代扣代缴义务，避免了潜在的税务风险。

同时，农民工和用人单位都应注意以下几点：

1. 了解税收政策：农民工应关注国家发布的最新税收政策，了解自己的纳税义务和权利。
2. 保留相关凭证：农民工在领取工资时，应要求雇主提供工资条等凭证，以便核对自己的收入和已缴纳的税款。
3. 依法维权：如果发现雇主未依法代扣代缴个人所得税或存在其他违法行为，农民工可以向当地税务机关举报或寻求法律援助。

综上所述，农民工工资的个人所得税虽然由农民工个人承担，但实际操作中由所在单位在支付工资时代扣代缴。这一制度设计既符合税法规定，又体现了税收征管的便利性和高效性。