您好，针对您提出的“银行手续费已经入账后跨年又开票”的问题，这确实是一个涉及会计、税务及内部控制等多方面的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、账务处理
入账时的处理：
- 当企业支付银行手续费但尚未取得发票时，通常会将实际支付的全额计入“财务费用”科目。
收到发票后的调整：
- 如果跨年收到增值税专用发票，您需要根据发票上的不含税金额和税额进行账务调整。
- 例如，如果原支付金额为1060元，收到发票后得知手续费不含税金额为1000元，增值税进项税额为60元，那么您需要将原计入“财务费用”的1060元调整为1000元，并将60元作为增值税进项税额进行入账。
跨月或跨年取得发票的过渡处理：
- 如果费用发生后一段时间（如跨月或跨年）才取得发票，您可以使用“暂估应付款”等科目进行过渡处理。待取得发票后，再进行冲销和调整，以确保账务的准确性。
二、税务处理
抵扣规定：
- 请注意，银行手续费如果不属于与贷款服务直接相关的费用（如账户管理费、转账手续费等），其取得的增值税专用发票的进项税额是可以按规定抵扣的。
发票合规性与认证：
- 确保发票内容、税率、开票方信息等准确无误。
- 收到增值税专用发票后，需要在税务系统中及时勾选认证，以便享受税收优惠政策。
三、审计与合规
账务调整记录：
- 对入账后又取得发票的账务调整，务必详细记录调整原因、金额、凭证号等，以备未来审计之需。
发票保管：
- 妥善保管银行开具的发票，这是费用支出和税务处理的重要凭证。
内控制度：
- 建议建立严格的入账和发票管理制度，确保费用发生有明确记录和凭证支持。
- 定期进行内部审计和检查，及时发现并纠正可能存在的问题和风险。
四、实际操作建议
- 在处理此类情况时，请保持谨慎态度，确保账务处理的准确性和合规性。
- 如遇复杂情况或不确定如何处理，强烈建议您及时咨询专业的会计师或税务师，以获取更专业的指导和帮助。
综上所述，处理银行手续费入账后又跨年开票的情况需要综合考虑多个方面，确保账务处理、税务处理及内部控制均符合相关法律法规的要求。希望以上解答能对您有所帮助！