针对您提出的一楼架空、二楼改独立排水，三楼该如何处理的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，建筑物的排水系统通常属于业主共有部分，任何未经其他相关业主同意擅自改动公共设施的行为，都可能侵犯他人的合法权益。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应正确处理相邻关系，不得侵犯他人的合法权益。

现在，针对三楼的具体情况，您可以采取以下步骤来处理：

一、与二楼住户沟通

1. 尝试与二楼住户进行友好沟通，了解其改独立排水的原因，并表达您的担忧和可能受到的影响。
2. 寻求共同解决方案，看是否能够找到一个既能满足二楼需求，又不影响三楼排水的方案。

二、与物业沟通

1. 向物业反映二楼改独立排水的情况，要求物业介入处理。
2. 物业有责任对小区内的装修改造等行为进行管理和监督，他们可以采取相应措施，督促二楼采取合理解决办法。

三、向相关部门投诉

如果物业无法解决问题，您可以向以下部门投诉：

1. 城管部门：他们负责城市建设和管理方面的执法工作，可以对二楼的违规行为进行调查和处理。
2. 房地产行政主管部门：他们对住宅室内装饰装修活动有监管职责，您可以向其反映情况，要求对二楼的违规行为进行查处。
3. 住建局：作为住房和城乡建设的管理部门，他们也可以接受相关投诉并进行调查处理。

四、法律途径

如果上述途径均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益：

1. 咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼方式。
2. 准备相关证据，证明二楼的行为对您造成了损害。
3. 向人民法院提起诉讼，要求二楼恢复原状或采取补救措施。

五、预防措施与建议

为了避免类似问题的再次发生，您可以采取以下预防措施：

1. 在购房或租房前，详细了解房屋的情况和排水系统。
2. 及时向物业或相关部门反映问题，并协助处理。
3. 增强法律意识，了解相关法律法规和小区管理规定。

综上所述，面对二楼改独立排水的问题，三楼住户应首先尝试通过沟通协商解决问题。在协商无果的情况下，可以向物业、相关部门投诉或寻求法律途径来维护自己的合法权益。同时，也应加强预防和意识提升，避免类似问题的发生。希望这些建议能对您有所帮助。